oddział chirurgii był kolejno organizowany przy ul. Ogrodowej, w gmachu sądów przy ul. Leszno, w Czystem, przy ul. Sierakowskiego i ostatecznie w Szpitalu Ujazdowskim. Na oddziale wykonywali ćwiczenia studenci tajnego Uniwersytetu Ziem Zachodnich oraz słuchacze Prywatnej Szkoły Zawodowej dla Pomocniczego Personelu Sanitarnego w Warszawie (tzw. Szkoły dr. Jana Zaorskiego) prowadzonej z udziałem profesorów i docentów Uniwersytetu Warszawskiego i Poznańskiego.
Po wybuchu powstania warszawskiego doc. Ostrowski pracował w Lecznicy Św. Józefa, a następnie w jednym z punktów sanitarnych Śródmieścia. Po upadku powstania znalazł się w obozie w Pruszkowie; z Pruszkowa przedostał się do Milanówka, a następnie do Konstancina. Ponownie podjął pracę w Szpitalu Św. Ducha, ewakuowanym do Konstancina z Warszawy.
Okres powojenny mały|Grób prof. Władysława Ostrowskiego na cmentarzu Bródnowskim Po zakończeniu walk szpital przeniesiono na ul. Kasprzaka. Władysław Ostrowski wrócił do Warszawy w czerwcu 1946 r. Wykładał torakochirurgię i prowadził ćwiczenia na Uniwersytecie Warszawskim (odrzucał propozycje objęcia katedry i kliniki w innych polskich uniwersytetach (Lublin, Wrocław, Łódź, Gdańsk, Poznań, Szczecin).