Dyskusje zakończyły się jednak fiaskiem i Grienberger pozostał głuchy na argumenty Saint-Vincenta, który wobec niepowodzenia wrócił do Leuven.
Nie przebywał jednak zbyt długo w rodzinnych stronach, ponieważ w 1626 roku został mianowany nadwornym kapelanem Ferdynanda II i przeniósł się do Pragi, gdzie rezydował cesarz. Funkcję tę pełnił przez sześć lat. W czasie pobytu w Czechach podupadł na zdrowiu, w związku z czym nie był w stanie wykonywać wszystkich swoich obowiązków i zwrócił się do cesarza z prośbą o zezwolenie na wybranie sobie pomocnika. Ferdynand zgodził się i do Saint-Vincenta dołączył inny jezuita i matematyk, Théodore Moret z Antwerpii. W międzyczasie Saint-Vincent otrzymał ofertę nauczania na uniwersytecie w Madrycie, którą jednak był zmuszony odrzucić ze względu na zły stan zdrowia. W tym samym roku wojna trzydziestoletnia, która trwała wówczas w Cesarstwie, przybrała niekorzystny dla Habsburgów obrót. Protestanccy książęta, wsparci przez wojska szwedzkie, zaczęli odnosić zwycięstwa i coraz bardziej zagrażali strategicznym ziemiom dynastii. Wobec nowej ofensywy protestantów i ciężkiego stanu zdrowia, Saint-Vincent został ewakuowany z Pragi do Wiednia. W czeskiej stolicy pozostało wówczas bardzo wiele jego dzieł matematycznych.