Oficerowie śledczy brutalnym biciem usiłowali wymusić na nim przyznanie się do zarzucanych mu czynów: kierowania organizacją zajmującą się działalnością szpiegowską na rzecz wywiadu amerykańskiego. Gdy tylko tracił przytomność, był polewany zimną wodą. Morzono go głodem i nie dawano nic do picia. Był też zmuszony do klęczenia bez przerwy przez 72 godziny. Przez 24 dni był przetrzymywany w betonowym lochu nazywanym „psią budą”, w którym nie można było ani usiąść, ani się położyć, ani stanąć prosto. Aresztowano również jego żonę i córkę, i znęcano się również nad nimi. Mimo takiego traktowania nigdy nie przyznał się do zarzucanych mu czynów. Próbowano również zeznania obciążające Scheidera uzyskać od innych Świadków Jehowy więzionych w tamtym okresie.
W dniach od 16 do 22 marca 1951 roku przed Wojskowym Sądem Rejonowym przy ulicy Koszykowej 82 w Warszawie odbył się pokazowy proces za zamkniętymi drzwiami (bez publiczności). Na ławie oskarżonych znalazło się siedmiu Świadków Jehowy, wśród których był Wilhelm Scheider, trzech członków zarządu krajowego oraz trzech innych Świadków Jehowy.