Zasady funkcjonowania Znaki chińskie zostały w man’yōganie użyte fonetycznie (tj. ze względu na ich odczyt), a nie semantycznie (czyli ze względu na ich znaczenie). Każdy znak oznaczał zasadniczo jedną sylabęW języku starojapońskim nie było (fundamentalnej we współczesnym japońskim) różnicy pomiędzy sylabą a morą – każda sylaba odpowiadała jednej morze, a jedna mora stanowiła sylabę., zdecydowanie rzadziej dwieZagadnieniu znaków zapisujących więcej niż jedną sylabę poświęcona jest książka S. Osterkampa, Nicht-monosyllabische Phonogramme….. Kilka, kilkanaście, a nawet kilkadziesiąt znaków mogło być używanych do zapisu tej samej sylaby, np. sylabę ka zapisywano w Man’yōshū za pomocą znaków: 加, 可, 賀, 珂, 迦, 箇, 嘉, 架, 鹿, 蚊, 香, 芳, 歟, przy czym np. sekwencję kani także za pomocą 漢 lub 干 sylabę yu zapisywano w Man’yōshū za pomocą znaków: 由, 喩, 遊, 油, 弓, 湯 sylabę re zapisywano w Man’yōshū za pomocą znaków: 礼, 例, 列, 烈, 連, przy czym sekwencję remu także za pomocą 廉. Niekiedy pisarze wybierali jeden z dostępnych znaków ze względu na jego konotacje lub kontekst, w którym miał zostać użyty, ale trudno stwierdzić, by kierowano się podczas pisania jakimiś szczególnymi zasadami.