José Zaragoza zasłynął przede wszystkim dzięki swoim badaniom astronomicznym. Był jednym z pierwszych obserwatorów komet w Europie. Wyniki tych badań i obserwacji publikowane były w popularnych wśród elit intelektualnych Francji, "Journal des Savants" i "Journal de Trévoux". Wynikami tych obserwacji, francuscy astronomowie posiłkowali się jeszcze w 1783 roku. W swoich pracach dotyczących astronomii Zaragoza prezentował się jako ostrożny zwolennik teorii heliocentrycznej. Odrzucał niektóre starsze poglądy i krytykował je. Zajmował się również stroną techniczną, skonstruował dwa, nowe typy lunet, które wykorzystywano później w obserwacjach astronomicznych.
Nieco mniej znany jest z osiągnięć na polu matematyki. Wiele z jego pomysłów i prac została zapomniana i jest dzisiaj przypisywana innym uczonym, którzy wprawdzie wymyślili je niezależnie od Zaragozy, ale później. Zaragoza miał duże znaczenie dla matematyki hiszpańskiej. Dzięki dokonanemu przez niego tłumaczeniu prac François Viète'a, przyczynił się do rozpowszechnienia się tak zwanej nowej algebry w Hiszpanii. Zaragoza interesował się przede wszystkim klasyczną geometrią grecką, zwłaszcza osiągnięciami Apoloniusza z Pergi. Był jednym z tych którzy pracowali nad odtworzeniem dzieła Apoloniusza De Locis Planis, traktującego o przekrojach w przestrzeni.