Nowy przywódca zaczął rządy od odesłania do Hiszpanii uwięzionego Enciso, w towarzystwie zaufanego człowieka, któremu powierzył list do króla Ferdynanda. Opisywał w nim wypadki w Darién i prosił o uznanie takiego stanu rzeczy. Sam rozpoczął konkwistę nowego terytorium.
Pierwsza z prawdziwego zdarzenia ekspedycja badawcza pod jego dowództwem opuściła Darién w 1512 roku. Jej celem było dotarcie na terytorium wodza o imieniu Dabeiba – głównego dostawcy złota. W trakcie dwóch wypadów Balboa zbadał Río Atrato z jej dopływami, a swoje spostrzeżenia przekazał w liście do króla z 20 stycznia 1513 roku, w którym opisywał metody pozyskiwania kruszcu przez Indian.
Odkrycie Pacyfiku Vasco Núñez de Balboa, kiedy był w stanie pojąć miejscowe narzecze, usłyszał od kacyka Comogro o bezkresnym morzu i kraju zasobnym w bajeczne bogactwa, co odnotował w liście z 20 stycznia 1513 roku:
thumb|Odkrycie Pacyfiku, Vasco Núñez de Balboa, Panama - 25 września 1513, 11 rano, obraz Matthiasa Laurenza Gräffa (2009/10)