Już w październiku 1939 zorganizował ze swoich harcerzy i uczniów pierwszą w Żelechowie grupę konspiracyjną, która następnie weszła w skład ZWZ, później AK w strukturze Inspektoratu Puławy jako Obwód II Żelechów. Edward Jóźwicki do 1940 r. był dowódcą placówki Żelechów, w latach 1939–1941 pełnił funkcję zastępcy komendanta Obwodu Garwolin, a 1942 r. szefa sztabu i zastępcy komendanta Rejonu Żelechów. Był także wykładowcą konspiracyjnego kursu podchorążych piechoty. Zajęcia odbywały się w jego mieszkaniu przy ul. Kościuszki 107 w Żelechowie. Od 1942 r. służył w stopniu porucznika. Po wojnie został mu przez władze londyńskie nadany stopień kapitana.

Edward Jóźwicki nie zaprzestał także działalności pedagogicznej i prowadził komplety tajnego nauczania obejmujące przedmioty zakazane przez niemieckie władze. Był też członkiem trzyosobowej ekspozytury tajnych władz oświatowych (Powiatowej Komisji Oświaty i Kultury) na miasto Żelechów.

Po wkroczeniu na teren Żelechowa Armii Czerwonej i nieudanej próbie przedostania się do Warszawy, w której trwało powstanie, ukrywał się przed aresztowaniem na terenie Wielkopolski.

Aktywnie zaangażowani w konspirację byli również jego dwaj bracia Władysław Jóźwicki (ps.