W Bośni Tvrtka I dawna eparchia humska stała się administraturą obejmującą całe terytorium państwa bośniackiego, zaś siedzibą biskupa był monaster Mileševa. Po zajęciu Hercegowiny przez Turków biskupi przenieśli się do monasteru Tvrdoš. W tym też okresie (nie ustalono dokładnej daty) doszło do podziału administratury na milešewską (petrowską, podhercegowacką) oraz trebińską, który utrzymał się do traktatu belgradzkiego w 1739. W XVIII w., po zniszczeniu monasteru Tvrdoš, nową rezydencją biskupią został monaster Duži. W 1766, kiedy Patriarchat Serbski z siedzibą w Peći został zlikwidowany przez władze tureckie, eparchię zahumsko-hercegowińską włączono w struktury Patriarchatu Konstantynopolitańskiego i do 1888 kolejnymi ordynariuszami eparchii byli Grecy. Również w 1766 siedzibą metropolitów zahumsko-hercegowińskich stał się Mostar.

W 1920, po powstaniu Królestwa SHS, z czym wiązało się zjednoczenie w jednym Serbskim Kościele Prawosławnym wszystkich serbskich administratur prawosławnych dotąd pozostających w różnych jurysdykcjach, eparchia zahumsko-hercegowińska znalazła się w jurysdykcji Patriarchatu Serbskiego i otrzymała honorowe trzecie miejsce wśród jego eparchii.