W czasie II wojny światowej terytorium eparchii znalazło się w granicach marionetkowego Niezależnego Państwa Chorwackiego, prowadzącego agresywną politykę antyserbską i antyprawosławną. Zniszczonych lub uszkodzonych zostało wówczas 19 cerkwi w eparchii, jak również 12 bibliotek i 21 archiwów cerkiewnych. Jeszcze większe straty administratura poniosła podczas wojny w Bośni i Hercegowinie, podczas której zburzonych zostało 36 świątyń, kolejnych 28 – poważnie uszkodzonych. Wśród zburzonych budowli sakralnych był katedralny sobór Trójcy Świętej w Mostarze razem z rezydencją biskupią.
XXI w. mały|200px|Monaster Tvrdoš Obecnie (XXI w.) eparchia zahumsko-hercegowińska prowadzi 34 parafie, do których należy ok. 100 tys. wiernych. Największym skupiskiem ludności prawosławnej jest region Trebinje, w którym zamieszkuje ponad 1/3 wszystkich wiernych administratury.