W 1864 roku wybuchły zamieszki w Kioto, w wyniku których klasztor prawie całkowicie spłonął. Gdy sytuacja się uspokoiła, pod kierunkiem Tekisui Giboku (1822–1899), klasztor został odbudowany, chociaż ze względu na trudny okres trwało to bardzo długo. W 1871 roku został mianowany opatem jeszcze na wpół zburzonego klasztoru. W rok później zaczął prowadzić także linię przekazu Tenryū-ji i jego celem stało się zgromadzenie jak największej ilości praktykujących, co stało się możliwe po ukończeniu budynku Dharmy w klasztorze. W 1883 roku udało się otworzyć nowy budynek mnichów, który prowadził od 1889 roku Ryōen Genseki (1842–1918), do tej pory zbierający pieniądze na odbudowę klasztoru. W 1892 roku Tekisui zrezygnował ze stanowiska opata i przekazał je Ryōenowi. Po kilku latach Ryōnen oddał to stanowisko ponownie Tekisuiemu, gdyż konieczne były dalsze prace rekonstrukcyjne. Odbudowa klasztoru została zakończona w 1899 roku, roku śmierci mistrza Tekisui GibokuHeinrich Dumoulin. Zen Buddhism: a History. Japan. s. 406..
W latach 20. XX wieku opatem klasztoru został Seki Seisetsu Genjo (1877–1945).