W całej pierwszej połowie 1940 przebywał w Koszycach, na początku lipca 1940 przejściowo w Budapeszcie, w Sárvár, na początku sierpnia 1940 w Győr i według zapowiedzi, potwierdzanych przez władze niemieckie, miał wrócić do Sanoka oraz ponownie objąć stanowisko dyrektora szpitala. Ostatecznie, orientacyjnie od początku września 1940, był umieszczony w oflagu. Do 1945 przebywał w niemieckich obozach jenieckich: Oflag VII A Murnau w BawariiDonosił o tym m.in. pochodzący z Sanoka kpt. Bolesław Jus, do ok. 10 listopada 1941, następnie od około 13 listopada 1941 w Zeithain w Saksonii (przydzielony do szpitala w obozie jenieckiego jako chirurg; istniał tam Stalag-IVB/Z), od lutego 1942 w Mühlberg w Brandenburgii, od marca 1942 w jednym z obozów zbornych Sammellager, od około czerwca 1942 w okolicach Chemnitz, Stalag IV G Oschatz, Oflag IV C Colditz (Lipsk). W tym czasie w domu Domańskich w Sanoku schronienie otrzymali uciekinierzy wojenni, a także kwaterowali Niemcy. Sanatorium dr. Domańskiego, umiejscowione po prawym brzegu SanuMiasto Sanok znajduje się na lewym brzegu rzeki San. znalazło się po sowieckiej stronie wpływów ustalonej w pakcie Ribbentrop-Mołotow z 23 sierpnia 1939 między III Rzeszą a ZSRR. Radzieckie władze zorganizowały w budynku magazyny przeznaczone dla straży granicznej.