Po ataku Niemiec na ZSRR z 22 czerwca 1941, w wyniku ostrzału artyleryjskiego Niemców prowadzonego z terenu Sanoka (z okolic ul. Sanowej i z Glinic), trafiony został dach budynku, wskutek czego wybuchł w nim pożar 27 czerwca 1941, który zdewastował obiekt (nie przebywali w nim podczas ostrzału żołnierze, a były tylko składowane koce wojskowe). Stanisław Domański powrócił z niewoli do Sanoka z pogorszonym zdrowiem. Mimo jego starań o odbudowę sanatorium, nie zostało to zrealizowane i ostatecznie lekarz sprzedał zrujnowany budynek jako materiał rozbiórkowy.
Po wojnie, po raz drugi krótkotrwale pełnił posadę dyrektora sanockiego szpitala. Wkrótce po objęciu posady dyrektora przez Jana Zigmunda (1948), dr. Domański przeszedł na stanowisko ordynatora oddziału położniczego. W 1964 odszedł na emeryturę, a w późniejszym czasie pracował jeszcze w poradni dla kobiet.
Prywatnie Stanisław Domański zajmował się wędkarstwem, łowiectwem (był myśliwym, na przełomie 1918/1919 jednym z założycieli Koła „Bieszczady” Polskiego Towarzystwa Łowieckiego w Sanoku m.in. wraz z płk.