Fumi, ASL vol. 13, s. 26-27.. W 1587 Kongregacja Świętego Oficjum ostatecznie przejęła od władz zakonnych prawo mianowania i odwoływania inkwizytorów w okręgu mediolańskimBlack, s. 29..
W 1560 arcybiskupem Mediolanu został kardynał Karol Boromeusz (zm. 1584). Za jego pontyfikatu Hiszpanie dwukrotnie (1563 i 1566) podejmowali próby zastąpienia dominikańskiego trybunału w Mediolanie trybunałem inkwizycji hiszpańskiej, który podlegałby Radzie Najwyższej i Generalnej Inkwizycji w Madrycie. Protesty miejscowej ludności, wsparte przez arcybiskupa oraz papieża Piusa IV, zapobiegły realizacji tych planów. Kiedy w 1565 Karol Boromeusz osiadł na stał w Mediolanie, podjął szereg działań reformatorskich. Zdominował on także działalność w zakresie walki z herezją, spychając na dalszy plan inkwizytorów Mediolanu. Był on także wielkim zwolennikiem wiary w czary i przewodniczył licznym procesom o czary w Lecco (1569) i Val Mesolcina (1583), mimo sceptycyzmu ze strony Kongregacji Świętego Oficjum oraz lokalnych inkwizytorów dominikańskich, którzy w tym zakresie zerwali z tradycją poprzednikówBlack, s. 38-39..