W 1117 r. sam został skazany za herezję. Przyczyny jego potępienia są dość skomplikowane i mają zarówno teologiczny jak i polityczny charakter. Głównym zarzutem wobec Eustracjusza było jego ostre rozróżnienie między boskim Logosem Chrystusa a Chrystusem wcielonym, rozróżnienie które czyniło Chrystusa nierównym Ojcu. W związku z tym, warto również zauważyć, że Eustracjusz, podobnie jak jego mistrz Italos, był znany z silnego przekonania o stosowności używania sylogizmu Arystotelesa w teologii; twierdził nawet że sam Chrystus korzystał, z arystotelesowskiego sylogizmu. Rzeczywiście, Eustracjusz próbował w swych rozprawach teologicznych udowodnić prawdziwość chrześcijańskich dogmatów za pomocą argumentów logicznych. Charakterystyczne są pod tym względem tytuły dwóch z jego traktatów: Sylogistyczne okazanie jak czcić święte ikony i Odrzucenie tych, którzy twierdzą, że Chrystus ma jedną naturę, w oparciu o logiczne, fizyczne i teologiczne argumenty. Ostatecznie został zmuszony do abdykacji. Jest bardzo prawdopodobne, że w latach jego teologicznej niełaski, Eustracjusz wziął udział w projekcie Anny Komneny mającym na celu odrodzenie studiów nad Arystotelesem i napisał swoje dzieła egzegetyczne. Zmarł ok. 1120 lub 1030 r..