W 1265, po prawie 20 latach nieobecności, bracia powrócili do rodzimego klasztoru, eskortowani przez duży oddział mongolskich zbrojnych. O stosunku Tybetańczyków do zaistniałej sytuacji może świadczyć fakt, iż w dwa lata później Pjagna Dordże zmarł w podejrzanych okolicznościach w wieku zaledwie 28 lat (lipiec 1267). Jego śmierci towarzyszyło pierwsze zbrojne wystąpienie przeciwko rządom szkoły sakja, łączone przez badaczy z niechętną im tradycją drikung kagju. Reakcja Kubilaj-chana była szybka i bezwzględna, a datowana na 1267/68 karna ekspedycja kończyła według badaczy okres ustanawiania rządów mongolskich w Tybecie.
Administracja do końca podboju Organizacja mongolskiej administracji rozpoczęła się od listu Sakja Pandity do współziomków (1247). Tybetańczycy, którzy pragnęli uniknąć zbrojnego podboju, bez problemu zaakceptowali władzę wielkiego chana. Administrowanie poszczególnymi ziemiami miało pozostać w rękach dotychczasowych panów, ograniczone jednak regularnymi konsultacjami z mongolskimi przedstawicielami (gser yig pa). Za zbieranie trybutu i podatków odpowiedzialni mieli być sakjapowie.