Protektorom przyznano daleko idące prerogatywy natury administracyjnej i wojskowej.
Patron i jego kapłan W wyniku kolejnych wewnątrzmongolskich zmian, książę Koden został pozbawiony pieczy nad sprawami tybetańskimi, a jego miejsce zajął Kubilaj (ok. 1253). Ponieważ Sakja Pandita nie żył od 1251, nowy zwierzchnik Tybetu zaprosił do siebie, pierwszego świadomie reinkarnującego lamę, II Karmapę Karma Paksziego. Zgodnie z legendą nawrócił on Kubilaja na buddyzm, odmówił jednak gdy ten zaproponował mu miejsce u swojego boku. Nie mając innego wyboru nowo nawrócony chan uczynił nowego przywódcę tradycji sakja, nieletniego Pagpę (od 1244 mongolskiego zakładnika) swoim nadwornym lamą. Ta religijna relacja, zwana yon mchod, a w anglojęzycznych pracach tybetologicznych patron - priest (patron i jego kapłan) miała w przyszłości silnie zaważyć na dziejach Tybetu. Był to bowiem osobisty związek patrona, który w zamian za duchowe wsparcie, zapewniał wojskową ochronę swojemu lamie i reprezentowanej przez niego szkole.