W swym mieszkaniu prowadził stancję dla chłopców.

Był inicjatorem utworzenia specjalnego funduszu na dokształcanie nauczycieli, na który pierwszy złożył 1000 srebrnych rubli.

Od 1862 uczył języków starożytnych w szkołach prywatnych i państwowych, m.in. w szkole realnej, w III Rządowym Gimnazjum w Warszawie (późniejsze IV Gimnazjum), w niedzielnej szkole handlowej, w I Progimnazjum (1866-1870) i w IV Gimnazjum w Warszawie (1870-1892). Był autorem podręcznika do nauki języka łacińskiego dla klasy III (wydanego w 1905). W 1897 w ramach Biblioteki Dzieł Filozoficznych, redagowanej przez Henryka Struvego, wydał tłumaczenie Wspomnienia o Sokratesie Ksenofonta.

Emilian Konopczyński był członkiem redakcji „Przeglądu Pedagogicznego”, w którym publikował liczne artykuły (część z nich podpisywał kryptonimami E-ski, E. K., Em. K.). Prace na tematy pedagogiczne drukował także w „Roczniku Pedagogicznym”, „Bluszczu”, „Gazecie Polskiej” (listy o wychowaniu), „Zdrowiu”, „Miesięczniku Kuriera Polskiego” oraz lwowskim „Eosie”. Współpracował z redakcjami Wielkiej encyklopedii wychowawczej i Wielkiej encyklopedii powszechnej ilustrowanej, dla których opracowywał hasła z zakresu pedagogiki i historii starożytnej.