Marathon ukazał się we wrześniu 1979 i został chłodno przyjęty przez krytyków, ale uzyskał status złotej płyty za wysoką sprzedaż w USA. Muzycy jeszcze przed wydaniem płyty rozpoczęli kolejną trasę koncertową po Ameryce Północnej, Japonii i Australii, na której zagrał z nimi wokalista Eddie Money i Armando Peraza, grający na kotłach po odejściu Pete’a Escovedo.
1980–1997: spadek popularności zespołu i przerwa Na potrzeby kolejnej europejskiej trasy Santany w 1980 do składu dołączył perkusjonalista Orestes Vilató i klawiszowiec Richard Baker, a na koncertach w USA grał z nimi gitarzysta Al Di Meola. Grupa pod koniec roku rozpoczęła pracę nad materiałem na kolejną płytę o roboczym tytule Papa ré, która powstała z udziałem Pasquy i Solberga. Columbia Records jednak wstrzymała wydanie albumu i wymogła na Carlosie Santanie nagranie bardziej przebojowej płyty. Wydany w kwietniu 1981 krążek pt. Zebop! zebrał mieszane recenzje, ale utrzymywał się na czołowych miejscach Billboard 200 przez 21 tygodni. Sukces komercyjny osiągnął także pochodzący z albumu singiel „Winning”. Muzycy po wydaniu Zebop! zagrali kilkumiesięczną trasę koncertową po USA, która obejmowała m.in. występ w Detroit dla 46-tysięcznej publiczności, po czym wystąpili z serią koncertów w Japonii i Europie, a tourneé zakończyli dwoma występami z zespołem The Rolling Stones w Stanach.