Uniwersytet Wrocławski trzykrotnie występował o przyznanie jej profesury, ale nie dopuszczały do tego ówczesne władze, między innymi ze względu na jej postawę religijną. W dniu 1 października 1972 r., po 24 latach pracy, Zofia Gumińska została niespodziewanie zwolniona ze swojej funkcji kierownika Ogrodu, bez podania przyczyn. Pozostała na stanowisku samodzielnego pracownika naukowego, aż do przejścia na emeryturę z dniem 1 października 1978 r. W kolejnych latach aktywnie wspierała Ogród Botaniczny i prowadziła działalność społeczną.
Zmarła 16 marca 2006 r. we Wrocławiu, gdzie spoczywa na cmentarzu św. Wawrzyńca, wraz z mężem Stefanem Gumińskim (8/3/53)śp. Marta Gumińskawyszukiwarka Grobonet.. mały|Grób Stefana i Zofii Gumińskich na cmentarzu św. Wawrzyńca we Wrocławiu
Działalność naukowa Zainteresowania naukowe Zofii Gumińskiej dotyczyły przede wszystkim fizjologii roślin. Badała w szczególności uprawy bezglebowe oraz znaczenie związków próchnicznych dla organizmu roślinnego i mechanizmy działania tych związków. Wprowadziła uprawy bezglebowe w Ogrodzie Botanicznym Uniwersytetu Wrocławskiego, wcześniej stosowano je jedynie w prywatnych hodowlach szklarniowych. Udoskonalona przez nią metoda próchnicowej uprawy hydroponicznej roślin, nazwana została metodą wrocławską.