Od jesieni 1941 wspólnie z Eugenią Ruban, łączniczką z oddziału Hubala, pracował w wywiadzie dalekiego zasięgu Związku Walki Zbrojnej w Mińsku (pod okupacją niemiecką). Używał wówczas pseudonimu „Justyn”. Kierował placówką „O II WW-72" („O II” oznaczało drugi odcinek, „WW-72" było kryptonimem wywiadu prowadzonego na zapleczu frontu wschodniego), która utrzymywała łączność radiową z Rygą, Sztokholmem i Warszawą i miała kontakt z wywiadem angielskim. Został aresztowany w kwietniu 1942 w ramach śledztwa dotyczącego „Wachlarza”. Ponieważ nie miał bezpośrednich kontaktów z siatką „Wachlarza”, po trzymiesięcznym śledztwie Gestapo przekazało go Saugumie. Przyznał się do współudziału w przestępstwie współwięźnia aptekarza – fałszowaniu dokumentów. Łapówki wpływowego fałszerza spowodowały uwolnienie ich obu.
Całkowicie zdekonspirowany powrócił do Warszawy. Dzięki rekomendacji ciotecznego brata, mjra Macieja Kalenkiewicza, otrzymał przydział do Okręgu Nowogródek AK. Przybył na Nowogródczyznę (według różnych świadectw) w czerwcu lub lipcu 1943. Objął komendę nad oddziałami 301 Jana Skorby (ps. „Puszczyk”) i 312 Czesława Zajączkowskiego (ps. „Ragner”) jako dowódca Zgrupowania Nadniemeńskiego, do którego dołączył wkrótce także ppor. Kazimierz Bobkowski (ps.