Przeżyła szczęśliwie w Warszawie – do końca nie zdekonspirowana, pod nazwiskiem „Irena Kowalska”, pracując jako laborantka. Reszta rodziny (w sumie 89 osób) zginęła podczas likwidacji getta we wrześniu 1942 roku.
Wiesenthal uratował się z akcji likwidacji Żydów w obozie kolejowym, w którym pracował, w październiku 1943 roku, dzięki pomocy zastępcy dyrektora. W czerwcu 1944 roku został ponownie osadzony w obozie janowskim. 200-osobowa SS-owska załoga obozu pozostawiła przy życiu 43 spośród 149 tys. żydowskich więźniów, aby jako straż obozowa nie podlegać wysyłce na front. Z tą niewielką grupą, zagarniając po drodze wszystkich mieszkańców wsi Chełmiec (aby poprawić proporcje nadzorcy-więźniowie) ewakuowała się na zachód przed szybko przesuwającym się frontem. Przechodząc kolejno 6 obozów koncentracyjnych (m.in. Płaszów, Gross-Rosen, Buchenwald)Guy Walters, Ścigając zło, k. 106, ., cudem unikając egzekucji, Wiesenthal dotarł do obozu Mauthausen w Górnej Austrii. Tam 5 maja 1945 roku został uwolniony przez wojska amerykańskie. Wówczas za swój życiowy cel przyjął ściganie zbrodniarzy hitlerowskich.