Saga Anubis Po porażce Apofisa w sezonie 5 największym i najbardziej niebezpiecznym przeciwnikiem staje się Władca Systemu Anubis. Posiada on dużą wiedzę na temat Pradawnych i ich technologii. W sezonach 6. i 7. Ziemianie budują swój pierwszy statek międzygwiezdny (Prometeusz). Anubis w tym czasie tworzy armię niemal nie do pokonania – Wojowników Kull, dzięki którym niszczy lub zniewala wielu swoich wrogów spośród Władców Systemów. W finale 7 sezonu SG-1 odkrywa w placówce Pradawnych na Antarktydzie potężną broń, z pomocą której niszczy całą flotę Anubisa. Wydarzenia te dają początek spin-offowi serii: Gwiezdne wrota: Atlantyda (Stargate Atlantis), który rozpoczyna się właśnie w tym miejscu. W sezonie 8. Baal przejmuje większość sił Anubisa, jednak pozostali Władcy Systemu się nie poddają i z czasem potajemnie odzyskują kontrolę nad swoją armią. Ludzkie formy Replikatorów (robotów składających się z nanobotów, tak jak wcześniejsze wersje o kształcie pająków) rozpoczynają podbój terenów różnych Władców Systemu. SG-1 znajduje i dostosowuje starożytną broń. Pozwala mu to na zniszczenie wszystkich Replikatorów w całej galaktyce. Koniec sezonu 8. ujawnia dobroczynny charakter Omy Desali, która będąc odpowiedzialną za ascendencję Anubisa, angażuje go teraz w odwieczną walkę, ograniczając jego oddziaływanie na śmiertelników.