Podczas spotkań z innymi rasami SG-1 nawiązuje kluczowe sojusze z:
podobnymi do Goa’uldów, ale żyjącymi w pełnej symbiozie z własnymi larwami Goa′uldów – Tok’ra, zaawansowanymi technologicznie ludźmi – Tollanami, pacyfistami – Noxami, bardzo zaawansowanymi technologicznie istotami podobnymi do opisywanych podczas kontaktu w Roswell – Asgardczykami, których przedstawiciele objawiali się ludziom jako bogowie starożytnych wikingów, nielicznymi już, ale ciągle potężnymi Pradawnymi, którzy przeszli na poziom egzystencji wyższy niż ludzki, stając się czystą energią.
Innym zagrożeniem, które pojawia się w finale sezonu 3., są samoreplikujące się maszyny – Replikatory i nieuczciwi agenci wywiadu na Ziemi z organizacji NID wielokrotnie próbujący przejąć kontrolę nad Gwiezdnymi wrotami i innymi technologiami obcych. Mimo śmierci Apofisa na początku sezonu 5, Imperium Goa’uld pozostaje poważnym zagrożeniem dla SGC oraz Ziemi i jej sojuszników (do końca sezonu 8, w którym zakończono główny wątek walki z Goa'uldami). Władca Systemów Lord Ba′al (Cliff Simon) jest jedynym wpływowym Goa’uldem w trakcie ostatnich dwóch sezonów Stargate SG-1. Zostaje on ostatecznie pokonany w filmie Stargate: Continuum.