W 1895 r., prawdopodobnie za namową Tadeusza Stryjeńskiego, wówczas już znanego krakowskiego architekta, który urodzony i wychowany w Szwajcarii utrzymywał kontakty z FryburgiemZieliński Jan: Nasza Szwajcaria. Przewodnik śladami Polaków, Oficyna Wydawnicza „Rytm”, Muzeum Polskie w Rapperswilu, Warszawa 1999, s. 59, ., wziął udział w międzynarodowym konkursie na cykl witraży do fryburskiej katedry. Na konkurs, w którym wzięło udział 47 artystów z całej Europy, należało wysłać projekt witraża z przedstawieniami czterech apostołów: Piotra, Jana, Jakuba i Andrzeja. Mehoffer wygrał ten konkurs, a komisja konkursowa, obok walorów czysto artystycznych, podkreśliła w swej decyzji obecność w projekcie szeregu motywów polskich. Realizacja tego projektu był rozłożona na 40 lat jego twórczego życia. Pierwsze dwa witraże, Apostołowie (realizowany w latach 1895–1896) i Matka Boska Zwycięska (1896–1898), zdradzają jeszcze wyraźne wpływy historycznego malarstwa Jana Matejki. W późniejszych widoczne są już elementy secesji, a w końcu i oznaki własnego, charakterystycznego stylu witrażowego artysty. Są to kolejno: Eucharystia (1898–1901), Męczennicy (1898–1901), Trzej Królowie (1902–1905), Święty Jerzy, Archanioł Michał, św. Anna i Maria Magdalena (1907–1910), Święci biskupi i diakoni (1912–1917) oraz Błogosławiony Mikołaj z Flüe (1915–1919).