Niekiedy pigmejkę włączano też do rodzaju uistiti jako podrodzaj.
Etymologia Cebuella: rodzaj Cebus (kapucynka); łac. przyrostek zdrabniający -ella.
Podział systematyczny thumb|left|Cebuella niveiventris w zoo w Chester Do rodzaju należą następujące gatunki: Cebuella niveiventris Cebuella pygmaea – pigmejka karłowata W przeszłości rodzaj uznawano za takson monotypowy, a w pojedynczym gatunku pigmejka karłowata wyróżniano dwa podgatunki odpowiadające uznawanym obecnie gatunkom. Kolejne badania, między innymi wskazujące na różnice genetyczne i anatomiczne w budowie czaszki, pozwoliły dostrzec w nich osobne gatunki. Początkowo istniała pewna wątpliwość dotycząca nazewnictwa związana z niepewnością pochodzenia okazu typowego, jednak badania Boubli i innych z 2021 roku rozwiały je, wskazując na prawidłowość tak przyjętych nazw. Czas ich rozdzielenia się oszacowano na 2,54 miliona lat.
Kladystyka thumb|Badania genetyczne wskazują na bliskie pokrewieństwo rodzajów pigmejka i Mico. Na zdjęciu M. melanurus, czyli uistiti czarnogoonowa W 2012 roku ukazała się publikacja Schneidera i innych, w której zbadano mtDNA regionu kontrolnego.