Do maja 1938 roku stał się natomiast drugim pod względem znaczenia człowiekiem w czeskich Sudetach. thumb|left|Legitymacja służbowa Karla Hermanna Franka jako SS-Gruppenführera i sekretarza stanu w Protektoracie Czech i Moraw wystawiona 31 stycznia 1940 roku thumb|left|Karl Hermann Frank na jednym zdjęciu z protektorem Czech i Moraw Konstantinem von Neurathem (pierwszy z lewej) i szefem Służby Pracy Rzeszy (niem. Reichsarbeitsdienst) Konstantinem Hierlem (w środku) w 1941 roku W marcu i kwietniu 1938 roku kulminacyjny punkt osiągnął tzw. kryzys sudecki, kiedy to Konrad Henlein, działając na polecenie przywódcy III Rzeszy Adolfa Hitlera, domagał się quasi-państwowego statusu dla Niemców sudeckich. Praga mogła się na to zgodzić, ale Frank sabotował potencjalne porozumienie, ponieważ, podobnie jak Hitler, nie chciał porozumienia z władzami Czechosłowacji, tylko jej rozbicia. W tym celu Frank zmobilizował inne czechosłowackie mniejszości narodowe, takie jak Polacy i Węgrzy, a nawet Słowacy, do antyczeskiego kursu. W okresie poprzedzającym rozstrzygnięcie losów Niemców sudeckich Frank był też dowódcą w formacji Sudetendeutsches Freikorps.