Gdy Kraj Sudetów został zaanektowany przez III Rzeszę w następstwie układu monachijskiego z 30 września 1938 roku Karl Hermann Frank otrzymał stanowisko zastępcy gauleitera Okręgu Rzeszy Kraj Sudetów – Konrada Henleina. Dowódca SS Heinrich Himmler doceniał radykalizm Franka, przez co 1 listopada 1938 roku wręczył mu legitymację SS o numerze 310 466 oraz mianował go SS-Brigadeführerem. Rok 1938 to dla Karla Hermanna Franka także zostanie wybranym w grudniowych „” do berlińskiego Reichstagu. W marcu 1939 roku, po zajęciu przez III Rzeszę reszty obszaru Czech, Frank został powołany na stanowisko Wyższego Dowódcy SS i Policji oraz sekretarza stanu w nowo utworzonym Protektoracie Czech i Moraw. Oprócz tego 9 listopada 1939 roku został awansowany na SS-Gruppenführera. Nominalnie podlegał protektorowi Konstantinowi von Neurathowi, w którego cieniu pozostawał, lecz umiejętnie rozszerzał swoją władzę dzięki znakomitej znajomości realiów czeskich i poparciu Himmlera (co wykorzystywał do osłabienia pozycji von Neuratha).