Frank szybko zaczął stosować terror i represje, wyrażone poprzez podpisywanie licznych zarządzeń o wyrokach śmierci i autoryzowanie egzekucji oraz wysyłanie do obozów koncentracyjnych i do pracy przymusowej, wobec czeskich opozycjonistów występujących przeciw władzy niemieckiej, ponadto doprowadził do aresztowania we wrześniu 1941 roku i egzekucji w następnym roku Aloisa Eliáša, który utrzymywał kontakty zarówno z czeskimi opozycjonistami antynazistowskimi, jak i czechosłowackim rządem emigracyjnym w Londynie. Pod nadzorem Franka niemieccy naziści konfiskowali własność licznych czeskich organizacji i muzeów, wykonywali egzekucje na członkach ruchu oporu i deportowali Żydów do miejsc, w których czekała ich pewna śmierć. Gdy von Neurath został odwołany ze stanowiska we wrześniu 1941 roku, Frank spodziewał się przejąć je po nim, jednak na stanowisko protektora Adolf Hitler mianował Reinharda Heydricha. Heydrich i Frank następnie ściśle ze sobą współpracowali i stworzyli system terroru w Protektoracie Czech i Moraw. Tylko w pierwszych tygodniach rządów tandemu Heydrich–Frank na mocy wyroków sądów doraźnych w Pradze i w Brnie rozstrzelano oraz powieszono 219 osób, zaś kilkaset osób (tylko 30 września – 256 osób) wysłano do obozów koncentracyjnych.