Kariera klubowa W pierwszym zespole „Depo” zadebiutował na początku 2000 roku w spotkaniu z Club Daom. Szybko zainteresowanie pozyskaniem młodego zawodnika zaczęły przejawiać kluby angielskiej Premiership – London Wasps, Leicester Tigers i Gloucester Rugby. Niemniej żadna z umów nie doszła do skutku z uwagi na kontuzje tudzież problemy z uzyskaniem pozwolenia na pracę. W październiku 2003 roku podpisał kontrakt z paryskim zespołem Stade Français. Już w pierwszym sezonie w Top 16 Hernández wystąpił w 14 meczach ligowych, a zwieńczeniem tego okresu był tytuł zdobyty w meczu z USA Perpignan. Rok później paryżanie byli bliscy obrony mistrzostwa, jednak w finale po dogrywce przegrali z Biarritz 34:37. W tym samym roku zespół Hernándeza dotarł też do wielkiego finału Pucharu Heinekena, w którym – również po dogrywce – musiał uznać wyższość Stade Toulousain. Część tego sezonu „Juani” musiał opuścić w następstwie złamania nogi w stawie skokowym, którego doznał w trakcie pucharowego spotkania z Gloucester. Po drugi tytuł mistrza Francji Hernández sięgnął w sezonie 2006/2007, kiedy Stade Français ograło ASM Clermont Auvergne.