Ostatecznie jednak do transferu nie doszło, a Hernández wypełnił swój upływający latem 2009 roku kontrakt ze Stade Français, w międzyczasie dwukrotnie docierając jeszcze do półfinałów Top 14.
Po zakończeniu sezonu 2008/2009 Juan podpisał roczny kontrakt z południowoafrykańskim KwaZulu-Natal Rugby Union, który obowiązywał w rozgrywkach Currie Cup i Super 14. Zobowiązał się także do trenowania młodzieży w akademii Sharks. W sezonie zasadniczym drużyna z Durbanu odniosła 12 zwycięstw w 14 spotkaniach i zajęła pierwsze miejsce w Premier Division. W fazie pucharowej Sharks dotarli do półfinału, w którym w dramatycznych okolicznościach ulegli Free State Cheetahs 21:23. W grudniu 2009 roku francuska gazeta Midi olympique podała, że Hernández po zakończeniu sezonu Super 14 wróci do Francji. Pomimo zainteresowania ze strony niemal wszystkich największych drużyn Top 14 (Stade Toulousain, Aviron Bayonnais, USA Perpignan czy RC Toulonnais), Argentyńczyk miał zdecydować się na powrót do Paryża, do Racing Métro 92. W trakcie fazy pucharowej Currie Cup doznał urazu kręgosłupa przez który część treningów odbywał w reżimie indywidualnym. Kontuzji nie udało się zaleczyć (zdiagnozowano kręgozmyk) i niezbędna okazała się być operacja.