Skomplikowany proces dochodzenia do pełnej sprawności wykluczył jego udział w rozgrywkach Super 14 w barwach Sharks. Kiedy „Juani” przeszedł podstawową część rehabilitacji, w maju oficjalnie zakomunikowano jego przenosiny do Racingu.
Okres spędzony w podparyskim klubie naznaczony był licznymi urazami Argentyńczyka, zwłaszcza kontuzjami kolan. W 2011 roku – po zerwaniu więzadeł krzyżowych w prawym kolanie – zawodnik miał nawet rozważać zakończenie profesjonalnej kariery. Po powrocie do reprezentacji Hernández zdołał w znacznej mierze odbudować swoją dyspozycję, jednak wiązało się to z tym, że „el Mago” istotną część sezonu spędzał z drużyną narodową. Z drużyną Racingu dwukrotnie docierał do fazy półfinałowej Top 14. W 2011 roku ekipa w biało-błękitnych koszulkach jednym punktem uległa Montpellier Hérault Rugby, zaś w roku 2014 „les Racingmen” przegrali 6:16 z RC Toulonnais. Po zakończeniu sezonu, w czerwcu 2014 roku „Juani” wystąpił w barwach legendarnej drużyny Barbarian F.C., która mierzyła się z reprezentacją Anglii.