McMahon rozpoczął feud z Kurtem Angle. Punktem kulminacyjnym rywalizacji była wygrana przez Angle'a brutalna walka na gali King of the Ring. McMahon zaczął wprowadzać do federacji wrestlerów WCW, którzy mieli rywalizować z wrestlerami WWF. Shane ponownie stał się heelem, łącząc siły z Paulem Heymanem i jego wrestlerami z Extreme Championship Wrestling, a także nową właścicielką ECW – Stephanie McMahon-Helmsley. Wspólnie utworzyli grupę „The Alliance”, a ich celem było zlikwidowanie WWF. Ostatecznie, The Invasion zakończyło się na gali Survivor Series w walce decydującej o tym, kto otzyma kontrolę. Drużyna The Alliance przegrała z drużyną WWF. Następnej nocy na Raw, Vince publicznie zwolnił Shane’a i Stephanie; Shane honorowo przyjął przegraną, zaś Stephanie nie mogła się pogodzić z decyzją ojca i została wyrzucona z areny.

Sporadyczne występy (2003-2005) mały|Shane wykonujący swój taniec podczas wejściówki McMahon pojawił się po raz pierwszy od dwóch lat na odcinku tygodniówki SmackDown!, tuż przed WrestleManią XIX. Po raz kolejny stał się pozytywnym zawodnikiem w lecie 2003, kiedy to wziął udział w rywalizacji z prowokującym Lindę McMahon Erikiem Bischoffem. Pokonał Bischoffa na gali SummerSlam.