Ocena stanu ekologicznego Elementy jakości nie są traktowane w taki sam sposób. Elementy biologiczne są traktowane jako podstawowe, podczas gdy elementy fizykochemiczne i hydromorfologiczne jako wspierające. Jest to odwrócenie perspektywy typowej dla tradycyjnych systemów oceny jakości wód rozumianej jako jej czystość. W tamtych systemach podstawą oceny wód jest jej czystość, a więc przede wszystkim stopień zanieczyszczenia substancjami chemicznymi (np. stężenie biogenów) czy fizycznymi (np. mętność). Kryteria biologiczne dotyczą wówczas głównie kwestii sanitarnych, np. zagrożenia organizmami chorobotwórczymi i pasożytniczymi. Bioindykacja w takich systemach jest wykorzystywana np. do oceny stopnia zanieczyszczeń mniej lub bardziej toksycznych (np. indeks saprobów). Stan ekologiczny natomiast jest definiowany głównie przez pryzmat biocenoz uznanych za wskaźnikowe dla wód naturalnych o różnych warunkach referencyjnych. Dlatego np. wody polihumusowe, które przy ocenie czystości mogłyby być ocenione w niskiej klasie, mogą mieć bardzo dobry stan ekologiczny, gdyż mała przezroczystość, kwaśny odczyn i brak wielu gatunków jest dla nich stanem naturalnym. Tradycyjnie w wielu krajach, które przyjęły RDW jako kryteria stanu dobrego przyjmowane są kryteria stosowane do oceny wód według innych systemów. Dotyczy to np.