Pod koniec 1948 został aresztowany i posądzony o sabotaż i dokonywanie przestępstw gospodarczych, po uniewinnieniu w 1949 Adam Piotr Skoczylas został powołany na stanowisko dyrektora Zakładu Surowców Naturalnych przy Głównym Instytucie Włókienniczym w Łodzi. Równocześnie wykładał owczarstwo w Wyższej Szkole Gospodarstwa Wiejskiego oraz na Kursach Rzeczoznawców Wełny Zagranicznej, a po 1950 pełnił funkcje dyrektora Instytutu Przemysłu Włókien Łykowych. W 1952 przeprowadził się do Warszawy i został adiunktem w Katedrze Szczegółowej Hodowli Zwierząt Wydziału Zootechnicznego Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego (SGGW), w 1953 został kierownikiem Zakładu Hodowli Owiec i zastępcą profesora. Od 1953 do 1955 był prodziekanem ds. studenckich Wydziału Zootechnicznego SGGW. W 1959 przedstawił pracę pt. „Polskie wełny krzyżówkowe. Metoda oceny” i uzyskał stopień doktora nauk rolniczych, trzy lata później na podstawie rozprawy pt. „Wełna krzyżówkowa. Elementy zootechnicznej oceny jakości” uzyskał stopień doktora habilitowanego. W 1966 wspólnie z Olgierdem Staniszkisem wyjechał do Afganistanu, gdzie opracował na zlecenie tamtejszego rządu plan modernizacji owczarstwa. W 1969 został profesorem nadzwyczajnym.