W 1967 Komisja została przekształcona w dwa osobne urzędyː jeden z nich zajmował się kontrolą państwa, a drugi prowadził statystykę. W 1968 najwyższy organ kontroli podlegał parlamentowi, a 1971 stał się ponownie organem, dzięki któremu komuniści mogli kontrolować społeczeństwo i państwo.
Od 1989 W czasie pierwszej fazy przemian ustrojowych w 1989 powstało Federalne Ministerstwo Kontroli, a także osobne ministerstwa dla Czech i Słowacji. Ministerstwa były urzędami administracji centralnej, na czele których stali ministrowie. W drugiej fazie przemian, tj. po 1991, reforma urzędu kontroli była kontynuowana. Urząd kontrolował administrację państwową, osoby prawne oraz wszystkie inne osoby, które otrzymywały dotacje z budżetu państwa. W trzeciej fazie przemian przygotowywano się, aby ponownie stworzyć Najwyższy Urząd Kontroli. Tak też się stało - w lipcu 1993 utworzono Najwyższy Urząd Kontroli.
Organy Najwyższego Urzędu Kontroli Do organów Najwyższego Urzędu Kontroli należąː Prezes Najwyższego Urzędu Kontroli, Wiceprezes Najwyższego Urzędu Kontroli, Rada Najwyższego Urzędu Kontroli, senaty Najwyższego Urzędu Kontroli oraz Izba Dyscyplinarna Najwyższego Urzędu Kontroli.