5 lipca 1855 Achmatow został odwołany ze stanowiska i przeniesiony do . 26 sierpnia awansowano go stopnia generała majora, a 26 października mianowano członkiem specjalnej komisji powołanej w celu zbadania nadużyć w dostawach żywności dla wojska walczącego w wojnie krymskiej.
Aleksiej Achmatow został mianowany 20 listopada 1860 wojskowym gubernatorem charkowskim, a dwa lata później, w dniu 28 lutego – oberprokuratorem Świątobliwego Synodu Rządzącego. Ten ostatni urząd objął dzięki poparciu metropolity moskiewskiego Filareta, którego znał z czasów młodości, oraz . W tym okresie, za panowania Aleksandra II, rozpoczęły się istotne przemiany w Cerkwi rosyjskiej, w których Achmatow nie odegrał istotnej roli. W ważniejszych kwestiach, np. mianowania archirejów, kierował się zdaniem metropolity Filareta, zaś sprawy bieżące pozostawił dyrektorowi Wydziału Szkolno-Duchownego Świątobliwego Synodu Rządzącego, . Z drugiej strony wykazywał się aktywnością na swoim urzędzie, m.in.