Dokładał ogromnych starań, aby uwolnić swój urząd od długu, ponieważ objął biskupstwo zadłużone na ponad 22 000 marek, ale udało mu się spłacić tę sumę przed śmiercią. Zrobił to, uzyskując od papiestwa zgodę na opodatkowanie swego duchowieństwa przez siedem lat. Gdy liczni biskupi odmówili płacenia, zostali usunięci z zajmowanych stanowisk. Pracował również nad kanonizowaniem Edmunda Richa, gdy był przy papieskim dworze na wygnaniu w Lyonie od 1244 do 1249.
W 1244 roku Bonifacy odrzucił Roberta Passelewe’a, który został wybrany jako biskup Chichesteru, ponieważ Passelewe był analfabetą. Bonifacy następnie przedstawił swojego kandydata, Ryszarda Wyche, i choć król oponował, papież Innocenty IV potwierdził wybór Ryszarda. W 1258 roku Bonifacy wystąpił przeciwko wyborowi Hugona Cambridge na biskupa Ely, i próbował zamiast niego wypromować Adama Marsha, ale Hugon zwrócił się do Rzymu, który potwierdził jego wybór. Bonifacy zwoływał synody, aby zreformować duchowieństwo, w 1257 roku w Londynie, w 1258 roku w Merton, i w 1261 roku w Lambeth.
Podczas jego rządów został powołany prowincjalny sąd w arcybiskupstwie Canterbury, któremu przewodniczył oficjał mianowanym przez Bonifacego.