Spory Bonifacy był agresywny w obronie wolności swojego urzędu. Dlatego też starł się z Henrykiem III z powodu wyboru królewskiego urzędnika, wspomnianego Roberta Passelewe’a na biskupa Chichester. Robert Grosseteste, biskup Lincoln, przeegzaminował Passelewe’a, i uznał go za nienadające się na urząd biskupi, a Bonifacy odwołał wybór w 1244 roku. Spierał się także ze swoimi sufraganami, których oburzały próby ścisłego kontrolowania ich spraw przez arcybiskupa. W 1250 roku Bonifacy próbował wizytować swoją prowincję, co zaniepokoiło sufraganów. Zaprotestowali przeciwko temu, że ich zwierzchnik brał ogromne sumy pieniędzy, podczas takich podróży. Zwrócili się do papieża, który potwierdził prawo Bonifacego do wizytacji, ale ustawił limit kwoty, która może być zabrana z każdego klasztoru lub kościoła Po wizytacji, Bonifacy opuścił Anglię ponownie, a wrócił dopiero w 1252 roku, po tym jak papież podjął decyzję w sprawie apelacji sufraganów na korzyść Bonifacego. Po powrocie kontynuował dochodzenie swoich praw i rozstrzygnął szereg sporów ze swoimi biskupami. Zapewnił sobie przyrzeczenia posłuszeństwa od wszystkich, z wyjątkiem trzech z 37 biskupów konsekrowanych podczas jego rządów arcybiskupich.