Kiedy w roku 1733 zmarł Mondion, został pochowany w krypcie pod kaplicą forteczną.
W roku 1757 dodano do zespołu Fortu Manoel Baterię Lembi, wybudowaną obok Tigné Point w Sliemie. Bateria została ufundowana przez Manoel Foundation i była ona pomyślana jako dzieło fortyfikacyjne Fortu Manoel, ponieważ jej rolą było zapobieganie ostrzałowi północnej flanki fortu przez wroga. Bateria została wycofana ze służby po wybudowaniu Fortu Tigné w roku 1795. Budowa tego fortu była również częściowo finansowana przez Manoel Foundation.
Okupacja francuska thumb|left|Fort Manoel widziany z St. Michael’s Bastion w Valletcie
Swój chrzest bojowy fort przeszedł podczas francuskiej inwazji na Maltę w czerwcu 1798 roku. W tym czasie fort był pod komendą portugalskiego rycerza Gourgeau, i by obsadzony przez cacciatori, strzelców regimentu lekkiej piechoty, jak również przez kilku mężczyzn z milicji w Birkirkarze. Fort poddał się po tym, gdy wielki mistrz Hompesch oficjalnie skapitulował przed Napoleonem.