wyruszył na zorganizowaną przez cesarza wyprawę krzyżową do Ziemi Świętej.
Podczas jego pobytu w Lewancie zmarł Henryk VI, co stronnicy Welfów wykorzystali do ponownej próby zdobycia władzy w Rzeszy. Doszło do podwójnej elekcji królewskiej: zwolennicy Hohenstaufów wybrali na króla Filipa Szwabskiego (brata zmarłego cesarza), zwolennicy Welfów – wobec nieobecności Henryka V – jego młodszego brata Ottona IV. W wojnie domowej Henryk V stanął po stronie swego brata i brał udział w obronie saksońskich dóbr Welfów. W 1202 r. zawarł układ z braćmi (królem Ottonem oraz najmłodszym Wilhelmem), w którym podzielili między siebie dziedziczne dobra Welfów w Saksonii.
Współpraca z Ottonem została jednak przerwana. Henryk nie był w stanie utrzymać Palatynatu, a Otto nie udzielał mu w tym zakresie pomocy, w związku z czym Henryk w 1204 r. doszedł do porozumienia z Filipem Szwabskim i odzyskał swoje księstwo. Po śmierci Filipa w 1208 r. stanął ponownie po stronie młodszego brata. Jednak gdy w 1212 r. królem niemieckim został ponownie wybrany Fryderyk II Hohenstauf, a Otto zaczął tracić grunt pod nogami, Henryk zaczął szukać sposobu na ratowanie swego władztwa w Palatynacie. Ustąpił go swemu synowi, Henrykowi VI.