pierwszy tom pojawił się 6 sierpnia 2003 roku, a ostatni 72 został wydany 6 października 2015. Ponadto 26 sierpnia 2008, jeszcze przez premierą Części II, wydano specjalny pudełkowy zestaw 27 tomów, obejmujących fabularnie całą Część I. Z kolei 16 września 2008 roku wydano „Edycję Kolekcjonerską”, czyli pierwszy tom Naruto w twardej oprawie. Drugi zestaw zawierający tomy z pierwszej połowy Części II został wydany w Stanach Zjednoczonych w dniu 7 lipca 2015 roku, z kolei trzeci zestaw z tomami drugiej połowy Części II wydano 5 stycznia 2016. W celu skompensowania różnicy pomiędzy japońskimi i angielskimi wydaniami mangi, krótko przed wydaniem 14 tomu Viz ogłosił kampanię „Naruto Nation”, której celem było wydanie trzech tomów każdego miesiąca w ciągu ostatnich czterech miesięcy 2007 roku w celu zamknięcia wspomnianej luki;