Kiedy w roku 1566 rozpoczęto budowę miasta Valletta, w planach było również zbudowanie arsenału oraz dla floty Zakonu. Budowa arsenału nie została nigdy zrealizowana, a prace przy mandracchio wstrzymano niedługo po rozpoczęciu, zaś teren ten przeistoczył się w slumsy, znane jako Manderaggio. W końcu, w roku 1597, arsenał został zbudowany w Birgu. W roku 1654, w fosie Valletty zbudowano przystań, lecz zamknięto ją w roku 1685.
Trzy z zakonnych okrętów brały udział w bitwie pod Lepanto w roku 1571, która była przełomowym zwycięstwem . Po tej bitwie siła Turków osmańskich na terenie śródziemnomorskim zaczęła słabnąć i w końcu Zakon usankcjonował korsarstwo przeciwko statkom muzułmańskim u wybrzeży Afryki Północnej i Lewantu.
thumb|left| w roku 1656, w której flota wenecko-maltańska pokonała większe siły tureckie. Dowódcą floty Zakonu był Gregorio Carafa, który później został Wielkim Mistrzem Zakonu Joannitów.
W wiekach XVII i XVIII flota Zakonu brała udział w kilku . Godną uwagi akcją była , która rozpoczęła wojnę kandyjską. Szczyt potęgi floty zakonnej przypadł na lata 1680., kiedy Wielkim Mistrzem był Gregorio Carafa. W tym czasie powiększona została stocznia w Birgu.