Ugrupowanie podczas kolejnych wyborów cieszyło się najmniejszym poparciem spośród trzech legalnie istniejących partii politycznych.
W 1993 roku podczas kongresu PDI, córka prezydenta Sukarno – Megawati Soekarnoputri została wybrana nową przewodniczącą ugrupowania, zastępując rządzącego partią od 1986 roku Suryadiego. Rząd w obawie przed rosnącą popularnością Soekarnoputri, nie zaakceptował wyboru i zadecydował o organizacji nowych wyborów, lobbując wyraźnie za kandydaturą lojalnego wobec władzy Budi HarjonoA. Bahar, Biografi politik Megawati Soekarnoputri, 1993-1996, Dżakarta 1996, str. 84.. Pomimo wysiłków kongres zadecydował ponownie o wyborze Soekarnoputri.
W czerwcu 1996 roku, zorganizowano kolejne wybory na przewodniczącego partii. Ze względu na naciski rządowe oraz funkcjonariuszy partyjnych lojalnych wobec Suharto, na kongres organizowany w Medanie nie zaproszono Megawati Soekarnoputri. Suryadi został ponownie wybrany na przewodniczącego PDI. Soekarnoputri nie uznała jego wyboru i w dalszym ciągu uważała się za liderkę ugrupowania. Jej zwolennicy zaś zabarykadowali się w siedzibie partii w Dżakarcie domagając się kolejnych wyborów. 27 czerwca 1996 roku zwolennicy Suryadiego wraz z pomocą sił rządowych zaatakowali siedzibę partiiA. Schwarz, J. Paris, The Politics of Post-Suharto Indonesia, Nowy Jork 1999, str. 56..