Kiedy całe życie na Ziemi zostało unicestwione, Gaja opracowała sposób na dezaktywowanie robotów Faro i zbudowała własne, mające przywrócić życie na planecie, a kiedy planeta stała się ponownie zdatna do zamieszkania stworzyła nowe formy życia na podstawie zasobów DNA zgromadzonych przez „Nowy Świt”. Zgromadzoną wiedzę ludzkości miała przekazywać klonom funkcja podrzędna Gai, Apollo, jednak Ted Faro – nie chcąc, żeby kolejne pokolenia powtórzyły te same błędy – usunął z systemu niemal wszystkie dane, ograniczając wiedzę i naukę do poziomu przedszkolnego.
Aloy odkrywa także, że kilka lat wcześniej w niewyjaśnionych okolicznościach aktywował się Hades – podfunkcja Gai odpowiedzialna za zniszczenie nowego życia w przypadku niepowodzenia terraformowania – zyskując samoświadomość i wbrew Gai uznając, że życie należy zniszczyć. Po dotarciu do biur Sobeck Aloy pobiera rejestr dający jej dostęp do Serca Matki, będącej jedną z placówek „Nowego Świtu”. Zanim udaje jej się dotrzeć do świętej góry zostaje pojmana przez Helisa i skazana na śmierć w Cytadeli, skąd ucieka z pomocą Sylensa. Po dotarciu do Norów pomaga im odeprzeć Zaćmienie i dociera do miejsca swoich narodzin. Tam znajduje pozostawione przez Gaję nagranie z informacją, że sygnał nieznanego pochodzenia pozwolił Hadesowi przejąć kontrolę nad jej systemami.