Kiedy we wrześniu 1798 roku Villeneuve przypłynął na Maltę, wyspa była już w chaosie: rozwiązanie struktur Kościoła katolickiego na wyspie rządzonej przez Francuzów wywołało duże niezadowolenie Maltańczyków, którzy zmusili wojska francuskie do wycofania się 2 września do fortecy-Valletty. Z początkiem października brytyjscy i portugalscy żołnierze uzupełnili maltańskie siły ochotnicze, a eskadra marynarki wojennej strzegła portu w Valletcie, aby przeciwdziałać jakimkolwiek francuskim próbom zaopatrzenia i wzmocnienia garnizonu. Chociaż z początkiem 1799 roku niewielkie ilości zaopatrzenia dotarły z Francji do Valletty, przez pierwsze siedem miesięcy roku 1800 żaden okręt nie dotarł do twierdzy, a garnizon francuski był bliski śmierci głodowej. Próbując zaopatrzyć oblężonych żołnierzy, w lutym roku 1800 Francuzi wysłali z Tulonu konwój, lecz 17 lutego został on zatrzymany u wybrzeży Malty przez eskadrę pod dowództwem Nelsona, i w wynikłej bitwie okręt flagowy „Généreux” został przechwycony, a kontradmirał Jean-Baptiste Perrée zginął.