W 1917 zakładał Związek Stowarzyszeń Praskich i następnie został jednym z jego wiceprzewodniczących.
Służba w formacjach wojskowych Emil Rauer w lipcu 1914 współorganizował Straż Obywatelską, w której od sierpnia 1915 pełnił funkcję jednego z zastępców komendanta i naczelnika wydziału intendentury. W latach 1916–1917 ukończył kolejno kursy podoficerski, oficerski i instruktorski Polskiej Organizacji Wojskowej przy warszawskiej organizacji „Sokół”. W 1918 współorganizował Straż Narodową i został komendantem V okręgu; w listopadzie ze swoim oddziałem uczestniczył w rozbrajaniu Niemców.
Od 1918 do 1920 roku Emil Rauer służył w formacjach ochrony kolei. Najpierw w listopadzie 1918 na polecenie Ministerstwa Kolei Żelaznych organizował Straż Kolejową, poczynając od Dyrekcji Warszawskiej i rozszerzając jej działania na Dyrekcję Radomską. Następnie Straż Kolejowa w końcu kwietnia 1919 została zmilitaryzowana i przekształcona w Wojskową Straż Kolejową (WSK) z zadaniem ochrony infrastruktury kolejowej. Rauer objął w niej funkcję dowódcy na terenie dyrekcji warszawskiej, radomskiej i wileńskiej. Po utworzeniu jej Dowództwa Głównego pod koniec maja 1919 objął funkcję dowódcy głównego, oddając dowództwo w Dyrekcji Warszawskiej w inne ręce.