Drugi okręt „Guillaume Tell” oraz dwie fregaty pod dowództwem kontradmirałów Pierre-Charlesa Villeneuve i Denisa Decrès, pożeglowały na zachód w stronę Malty, przybywając do Valletty w czasie rozpoczęcia blokady miasta.
Na Malcie, rozwiązanie przez rząd francuski Kościoła katolickiego zostało przyjęte przez Maltańczyków z krańcowym oburzeniem. 2 sierpnia 1798 roku, podczas próby sprzedaży kościelnej własności, wybuchło zbrojne powstanie, które zmusiło pod koniec miesiąca francuski garnizon, dowodzony przez generała Claude-Henriego Belgranda de Vaubois, do schronienia się za murami stolicy Valletty. Wojsko, liczące około 3000 ludzi, miało ograniczone zapasy jedzenia, a próby dostarczenia zaopatrzenia morzem zostały utrudnione przez eskadrę brytyjskich i portugalskich okrętów, stacjonujących na zewnątrz portu. Okręty blokady były pod dowództwem Nelsona, teraz Lorda Nelsona, stacjonującego w Palermo na Sycylii, a bezpośrednio dowodzone przez komandora Aleksandra Balla na okręcie liniowym HMS „Alexander”. W czasie roku 1799 wiele czynników, w tym niewystarczająca ilość żywności na Malcie, brak zasobów i żołnierzy spowodowany zobowiązaniami w innych rejonach Morza Śródziemnego, oraz pojawienie się francuskiej floty admirała Etienne Eustache Bruixa na zachodnich wodach Morza Śródziemnego, przyczyniły się do uchybień w blokadzie.