Jednak pomimo niewielkich dostaw do garnizonu, żołnierze francuscy zaczęli odczuwać skutki głodu i chorób. Pod koniec roku Ball zszedł na ląd, aby pomóc maltańskim powstańcom prowadzącym oblężenie, i został zastąpiony na stanowisku dowódcy „Alexandra” przez swojego pierwszego oficera Williama Harringtona.
thumb|150px|right|Kontradmirał Jean-Baptiste Perrée, dowódca floty wiozącej zaopatrzenie dla francuskiego garnizonu w blokowanej Valletcie. W styczniu roku 1800, uznając, że Valletcie grozi poddanie się, jeśli nie dostanie posiłków, francuska marynarka wojenna przygotowała w Tulonie konwój, składający się z „Généreux” pod dowództwem komandora Cypriena Renaudina, 20-działowych korwet „Badine” i „Fauvette”, 16-działowej „Sans Pareille” oraz dwóch lub trzech statków transportowych. Siłami dowodził kontradmirał Jean-Baptiste Perrée, niedawno uwolniony w ramach wymiany jeńców, który został poinstruowany, aby dotrzeć do Valletty wzdłuż wybrzeża Malty od południo-zachodu, z zamiarem przejścia pomiędzy eskadrą blokującą i wybrzeżem, i wejścia do portu zanim Brytyjczycy ich odkryją i w tym przeszkodzą. Konwój wypłynął 7 lutego.