Pogoń Szczecin Pracę w Pogoni Szczecin rozpoczął 6 listopada 2017. W pierwszym sezonie objął klub w czasie, gdy Pogoń zajmowała ostatnie miejsce w tabeli po 15 kolejkach. Efektem jego pracy była poprawa gry zespołu i utrzymanie się Pogoni w Ekstraklasie (11. miejsce). W kolejnych sezonach zespół przez niego prowadzony zajmował coraz wyższe pozycje (kolejno: 2018/2019 – 7. miejsce, 2019/2020 – 6. miejsce, 2020/2021 – 3. miejsce).
19 marca 2021 w wygranym meczu z Lechią Gdańsk (1:0 w Szczecinie) Kosta Runjaić poprowadził Portowców po raz 118. na najwyższym szczeblu rozgrywek ligowych i w ten sposób pobił liczący sobie prawie 32 lata rekord trenera Eugeniusza Ksola. 24 marca 2022 ogłosił odejście z Pogoni po zakończeniu sezonu 2021/2022. Jego ostatnim meczem w roli trenera szczecinian był domowy mecz ligowy z Bruk-Betem Termalica Nieciecza, zremisowany 2:2. Ostatecznie prowadzona przez Runjaicia Pogoń zajęła trzecie miejsce w Ekstraklasie, kwalifikując się do eliminacji Ligi Konferencji Europy UEFA.