Legia Warszawa 23 maja 2022 Legia Warszawa poinformowała o jego zatrudnieniu. Po raz pierwszy poprowadził klub 19 czerwca 2022, w wygranym 3:1 meczu towarzyskim przeciwko Chojniczance Chojnice. 16 lipca 2022 nastąpił jego debiut w oficjalnym meczu, w zremisowanym 1:1 spotkaniu 1. kolejki Ekstraklasy przeciwko Koronie Kielce. Finalnie sezon zakończył z Legią na drugim miejscu (bilans: 19 zwycięstw, 9 remisów, 6 porażek), ustępując jedynie Rakowowi Częstochowa. Dodatkowo zdobył z Legią Puchar Polski, eliminując w kolejnych rundach Bruk-Bet Termalikę Nieciecza, Wisłę Płock, Lechię Gdańsk, Lechię Zielona Góra i KKS 1925 Kalisz, by 2 maja 2023 zwyciężyć na Stadionie Narodowym Raków Częstochowa.
Na początku sezonu 2023/24 Runjaić ponownie pokonał Raków Częstochowa, sięgając z Legią po Superpuchar Polski. 31 sierpnia 2023 prowadzona przez niego Legia pokonała po rzutach karnych FC Midtjylland i po raz pierwszy w historii awansowała do fazy grupowej Ligi Konferencji UEFA. 7 grudnia 2023 odpadła z Pucharu Polski, przegrywając na etapie 1/8 finału 1:2 przeciwko Koronie Kielce. 14 grudnia 2023 zespół Runjaicia zwyciężył 2:0 holenderski AZ Alkmaar, co zapewniło mu drugie miejsce w grupie Ligi Konferencji UEFA, w konsekwencji promocję do fazy play-off rozgrywek.